Indiscutiblemente uno de los más grandes músicos que tuvo el Paraguay. Nació el 27 de agosto de 1904 en La Chacarita (Bo. Ricardo Brugada). Hijo de Magdalena Flores, se desconoce el nombre del padre. Ingresó a la Banda de la Policía de la Capital a los 11 años de edad. Tuvo la suerte de contar con un instructor como Félix Fernández.
Estudió teoría y solfeo, ejecutaba trombón y violín. Su genio de compositor brindó a nuestro país la GUARANIA, en el año 1925. A partir de unos arreglos que Flores hace a la polca Maerãpa reikuaase de Rogelio Recalde nace este nuevo género musical. La primera guarania fue Jejúi, posteriormente Arribeño resay, India y Ka'aty, cuyas letras fueron escritas por Rigoberto Fontao Meza. La letra que actualmente se conoce de India fue escrita más tarde por Manuel Ortiz Guerrero, quien también escribió los versos de Panambi vera , Ne rendape aju, Paraguaýpe, cuya música también se debe a José Asunción Flores.
Por decreto gubernamental India y Cerro Corá (esta última de Herminio Giménez y Félix Fernández) fueron declaradas "música oficial" el 24 de julio de 1944.
Otras obras incluyen: Nde Ratypykua (Tus Hoyuelos), Salud, Kerasy, Obrerito, Gallito cantor, Purahéi paha, Mburikao, Ñane Aramboha, Choli, Musiqueada che ámape.
Compuso también 12 sinfonías, entre éstas Pyhare pyte, Ñande Ru Vusu y María de la Paz.
Este maestro compatriota fallece en el exilio, en la ciudad de Buenos Aires el 16 de mayo de 1972.
Fue repatriado en 1991. Descansa en la plaza que lleva su nombre y el de su amigo Manuel Ortiz Guerrero en la ciudad de Asunción.
